1964 -Se creó el "Centro de Investigaciones en Fruticultura, Vitivinicultura y Horticultura", dependiente del Ministerio de Agricultura y Ganadería.
1972 -Se produjo la reorganización del Centro de Investigaciones Agrícolas "Alberto Boerger" (CIAAB) y la Estación Experimental Las Brujas pasó a funcionar dentro de la órbita de dicho centro, conjuntamente con las Estaciones Experimentales La Estanzuela (INIA-La Estanzuela) y Litoral Norte (INIA-Salto Grande). Se crearon además, las Estaciones Experimentales Agropecuarias del Norte (INIA-Tacuarembó) y del Este (INIA-Treinta y Tres).
 
1989 -Por medio de la Ley 16.065 se creó el Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria (INIA); la Estación Experimental Las Brujas, denominada ahora INIA-Las Brujas, se constituye en uno de los centro regionales.