INIA-Las Brujas se organiza internamente en unidades operativas, denominadas ya sea Unidades, Servicios o Secciones.

La Dirección, tal como lo indica su nombre, es el órgano directivo a cuyo frente se encuentra el Director Regional. Por debajo del mismo, se encuentran las siguientes unidades operativas:

Hortifruticultura

• Sección Recursos Naturales
• Sección Protección Vegetal
• Sección Horticultura
• Sección Fruticultura

Producción Animal

• Sección Ovinos y Caprinos
• Sección Animales de Granja

Servicios Técnicos

• Unidad de Operaciones
• Unidad de Economía
• Unidad de Difusión de Tecnología
• Servicio de Biblioteca
• Unidad de Biotecnología

La Dirección Regional de INIA-Las Brujas cuenta además con el invalorable apoyo del Consejo Asesor Regional (C.A.R.) y de los Grupos de Trabajo (G.T.) de apoyo al CAR, integrado por representantes de instituciones públicas y privadas, organizaciones de productores y personas de reconocida trayectoria en investigación o producción.

Sus cometidos son los de asesorar a la Dirección sobre la conveniencia de las líneas de investigación planteadas y proponer nuevas inquietudes, así como difundir en el medio las acciones de la Estación Experimental.

Organización Programática
INIA-Las Brujas es sede de cuatro Programas Nacionales:

• Animales de Granja
• Horticultura
• Fruticultura

A su vez tienen localización en la Estación Experimental, proyectos de los Programas Nacionales de:

• Cultivos de Invierno (sólamente Biotecnología)
• Arroz (sólamente Biotecnología)
• Plantas Forrajeras (sólamente Biotecnología)
• Bovinos para Carne (sólamente Biotecnología)
• Ovinos y Caprinos
• Forestales (sólamente Biotecnología)