Fundada en 1914, siendo su primer Director hasta 1957 el Dr. Alberto Boerger, fitotecnista alemán, contratado por el Gobierno Nacional con los cometidos de organizar un servicio de mejoramiento genético vegetal.
Inicialmente, las actividades estuvieron relacionadas con trabajos fitotécnicos sobre los cultivos agrícolas de mayor relevancia en aquel entonces: trigo, lino, cebada, maíz, avena y alfalfa. Por esos cometidos fue denominada "Instituto Fitotécnico y Semillero Nacional".
Durante ese período y bajo la conducción del Dr. Alberto Boerger los trabajos experimentales trascendieron fronteras, adquiriendo el Instituto renombre internacional.
A partir de 1961, se reorganiza la Institución dando lugar a la creación del Centro de Investigaciones Agrícolas "Dr. Alberto Boerger" (CIAAB), que amplía sus cometidos a los rubros ganaderos, con énfasis en su base forrajera. En esta década, la Estación Experimental La Estanzuela consolida su organización e infraestructura y desarrolla sustancialmente sus recursos humanos.
A comienzos de los años 70 se promueve la regionalización del Sistema Nacional de Investigación Agrícola, creándose las Estaciones Experimentales Agropecuarias del Norte (INIA-Tacuarembó) y del Este (INIA-Treinta y Tres) y anexándose las hortifrutícolas Las Brujas (INIA-Las Brujas) y Litoral Norte (INIA-Salto Grande).
A partir de 1989, con la creación del Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria (INIA), mediante la aprobación de la Ley 16.065, La Estanzuela, pilar de la investigación nacional y base del CIAAB, se integra al INIA adoptando la denominación de INIA-La Estanzuela, Estación Experimental "Dr. Alberto Boerger", en honor a su primer director.
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INIA La Estanzuela
