La Dirección, es el órgano a cuyo frente se encuentra el Director Regional. Por debajo del mismo se encuentran cuatro Sectores, los que a su vez están integrados por Secciones y Servicios, los cuales incluyen los Laboratorios de Suelos, Calidad de Forrajes y Concentrados, Calidad de Granos, Semillas, Calidad de Leche y Protección Vegetal.

La Dirección Regional de INIA-La Estanzuela cuenta, además, con el apoyo del Consejo Asesor Regional (C.A.R.) y de sus Grupos de Trabajo (G.T.), integrado por representantes de instituciones públicas y privadas, organizaciones de productores y personas de reconocida trayectoria en investigación o producción.

Los cometidos del C.A.R. son los de asesorar a la Dirección Regional sobre líneas de investigación a seguir, así como difundir en el medio las acciones de la Estación Experimental.